Voici un bref résumé des manipulations à faire et qui fonctionne pour mes besoins.

Tout d'abord, voici le lien d'un zip contenant un projet pré-programmé de correction d'altitude:
https://www.dropbox.com/s/yopxvl6ejt738 … x.zip?dl=0
Il s'agit d'un exemple du SDK que j'ai adapté pour vous faciliter la tâche.

1) Extraire le fichier à l'endroit de votre choix ("W:\MSFS" à titre d'exemple)

2) Activer le mode de développement: Options Général > Developer > ON

3) Ouvrez le projet via le mode Mode Dev en cliquant sur > Ouvrir le projet
   - vous choisissez le fichier appelé "W:\MSFS\frenchvfr-altitudes-fix\frenchvfr-altitudes-fix.xml",
   - vous devez physiquement développer le texte bleu "World-Altitudes",
   - sélectionner "FrenchVFR-Altitude-Fix",
   - pour terminer cliquez sur le bouton "Load in Editor".

4) Assurez-vous que la fenêtre  "Scenery Viewer" est activée en sélectionnant "Tools > Scenery Editor" dans le DEV Mode. Ensuite, allez à "View > Objects" dans le menu du Scenery Editor pour vous assurer que la fenêtre Objects Viewer est également activée.

5) Vous verrez un menu déroulant appelé "Object Type" dans la fenêtre "Objects Editor" qui est apparue après que vous l'ayez activé à l'étape précédente, réglez ce paramètre sur "Polygones" (par défaut, il sera réglé sur "Scenery")...

6) En bas de la fenêtre des "Objects", vous verrez un bouton appelé "One-click placing", assurez-vous qu'il est coché lorsque vous êtes prêt à définir votre polygone. Lorsque vous ne créez pas de polygones, désactivez ce bouton ou vous créerez un tas de "defuncts/morts" que vous devrez supprimer plus tard.

7) Ensuite, vous dessinez simplement des polygones autour du point/aberration à l'écran:
- vous commencez un polygone avec CTRL et CLICK gauche et vous le terminez en double-cliquant click gauche,
- vous activez le "Terraforming" (dans le Scenery Viewer pour le polygone donné que vous venez de dessiner).

Le premier CTRL et click gauchec déterminera toujours l'élévation, donc généralement pour se débarrasser d'une pyramide, il suffit de dessiner un polygone autour de celle-ci. La meilleure pratique consiste à cliquer sur l'eau elle-même (surtout si vous êtes près d'une rivière), et à enrouler le polygone autour de l'objet, bien qu'il soit plus facile pour un débutant de créer un polygone carré autour en cliquant sur le sol.

8 ) Après avoir créé votre premier polygone, sauvegardez le Scenery en cliquant sur le bouton "Save Scenery" sous la fenêtre du Scenery Editor.
N'utilisez pas le bouton "Save project" car cela ne sauvera rien des manipulations effectuées. La première fois que vous essayez d'enregistrer le Scenery, une boîte de sélection apparaît et vous devez définir le nom du fichier Shape (la forme/polygone) et le chemin d'accès (TRÈS IMPORTANT),

Vous devez enregistrer le fichier shape dans le répertoire de la scène: W:\MSFS\frenchvfr-altitudes-fix\PackageSources\scene.
Vous pouvez donner au fichier le nom que vous souhaitez, personnellement je prend le nom de l'endroit suivi du suffixe -SHP comme par exemple cth3-SHP.xml.

9) Sauvegardez régulièrement votre travail ou vous le perdrez (en appuyant sur "Save Scene"), car selon la complexité du paysage et votre hardware vous risquez des CDT.
De plus, vous devez vous familiariser avec la Dev Camera (Menu DEV Mode > Camera > Developer Camera), car le placement des polygones ne pourra pas être effectuer depuis le cockpit ou même en vue extérieure.
Pour se déplacer en mode Dev Camera utiliser les touches clavier W-A-S-D ou utilisez ALT+Clic gauche de la souris pour vous déplacez et faites glisser.

10) Pour compiler le projet après avoir sauvegarder le Scenery vous cliquerez sur Build ALL
Le résultat sera disponible dans le répertoire : W:\MSFS\frenchvfr-altitude-fix\Packages\world-altitudes\scenery\World-Altitudes-Fix\,  le fichier se nommera cth3-SHP.bgl dans le cas présent ou *-SHP.bgl.
Bien sûr, les noms utilisés dans l'exemple sont à adapter en fonction de vos besoins.

Pour utiliser le Package généré, il faudra recopier le répertoire world-altitudes (celui spécifié en gras dans le paragraphe précédent 10) et son contenu dans Community.

Nota:
Pour voir ce qu'il se passe, vous pouvez aussi copier le binaire fspackagetools.exe qui est dans les répertoires du SDK et le coller au même niveau que W:\MSFS\frenchvfr-altitudes-fix\frenchvfr-altitudes-fix.xml
Ensuite un simple drag and drop de frenchvfr-altitudes-fix.xml sur fspackagetools.exe  doit faire apparaître une fenêtre noire MS-DOIS puis une seconde dans laquelle la compilation va se dérouler et vous afficher les erreurs éventuelles. En cas de succès, dans kla seconde fenêtre vous devez avoir dans les dernière lignes:

PackageBuilder | Validating Package 'world-altitudes'...
PackageBuilder | Finished, 0 skipped, 1 done and 0 failed, took 0s029ms.
? unknown Command AddVFSPath
Appuyez sur une touche pour continuer...

L'AssetGroup que vous avez défini a bien été compilé (1 done) et cela a réussi (0 failed). Laissez tomber l'info AddVFSPath qui ne nous concerne pas.
En appuyant sur une touche les deux fenêtres disparaissent.